对于肛门尖锐湿疣的发病原因，一般认为内在原因是患者机体细胞免疫功能降低，外在原因可能与创面不透气、潮湿、易感染以及在行走和活动时容易受到摩擦损伤有关。具体来说，肛门尖锐湿疣的病因主要有：
自身因素（30%）：
自身传染，做激光有可能导致自身传染，外阴、会阴等尖锐湿疣，激光治疗后，有些人会在肛周复发，这类患者占所有肛周患者的三分之一。
间接因素（30%）：
间接传染，他们可能与使用的一些卫生用品或在桑拿浴室、浴池等处感染有关，这类患者占三分之一。
直接因素（30%）：
直接性接触，包括肛交或者非肛交，这类患者占三分之一。