肾活检是明确诊断急性肾小管间质性肾炎的唯一方法。最早期表现是间质水肿，典型的随后出现间质淋巴细胞、浆细胞、嗜酸性细胞和少量嗜中性白细胞浸润。严重病例中，可见炎性细胞侵入衬在小管基底膜的细胞间空隙（小管炎）。在其他标本中，可能见到继发于甲氧苯青霉素、磺胺类药、分枝杆菌和真菌的肉芽肿反应。
