同所有过敏性疾病一样，过敏性结膜炎是眼睛的结膜粘膜组织接触到过敏原后，以眼结膜炎症的方式发生。而引起过敏性结膜炎的过敏原又以花粉、灰尘、湿冷空气、尘螨、动物毛发等极易进入眼睛的物质居多，其次就是常与眼部接近的香水、化妆品、药物、隐形眼镜及其护理液等，这些过敏原进入眼睛，导致眼结膜肥大细胞释放出组织胺等致敏因子，而这些致敏因子又使局部毛细血管扩张，从而导致眼部产生红、肿、痒的症状。
过敏性结膜炎主要分为4种类型：过敏性结膜（包含季节性、常年性、接触性）、巨乳头性结膜炎、春季角结膜炎和特应性角结膜炎。季节性过敏性结膜炎以中青年最常见，起病迅速，接触致敏原即可发生，脱离致敏原症状缓解，而常年性与季节性的主要区别在于过敏症状常年存在。接触性过敏性结膜炎有明确接触史，例如药物或化妆品接触史。巨乳头性结膜炎常有隐形眼镜（角膜接触镜）配戴史。
