1.吻合口出血：麻醉时血压低缝合时不出血，术后血压恢复或升高时则可能出血。常可通过输血保守治疗控制，控制不了则再手术止血。
2.吻合口瘘：由于各种原因吻合口未能愈合而出现漏洞，称为吻合口漏；若漏口长期不愈合，则形成瘘。多数只能再次手术置放引流管或通过CT引导置放引流管待其慢慢愈合；实在不能愈合者，当在3-6个月后待炎症水肿消退后手术修补。
3.反流性食管炎：胃液、胆汁或肠液返流导致食管炎，有“烧心”感。部分患者术后较长时间后，消化道功能逐渐适应新的结构，返流消失；但有的长期严重返流的患者可能只能试行其它吻合模式重建消化道以观察能否改善。
4.输入袢综合征：食物进入吻合口的空肠近端，由于是被封闭的盲端，进入的食物难以排出而在内发酵产生上腹不适。
5.空肠造口处不全梗阻：由于空肠造口处被缝于腹壁上，有时易成锐角，导致食糜、肠液或气体难以通过致近端肠管膨胀而疼痛。多可通过保守治疗缓解。
6.倾倒综合征：因无幽门控制，食物团会不受控地进入肠管，导致一过性胰岛素分泌增加降低血糖，出现头晕、易跌倒。常发生于快速食入过多过甜食品。
