肛瘘是一种非常常见的肛肠疾病之一，而病因方面则一般都是由于感染因素而造成，比如细菌直接入侵，但也有其他方面的病因，比如肛门直肠部位出现损伤等，都是相对常见的病因。下面就肛瘘的病因进行具体介绍：
1、肛门周围脓肿：主要因污感、粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。
2、直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的滑性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。
3、瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压近瘘道。影响脓液的排出。容易贮脓感染而难于愈合。
4、肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和伤口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
5、肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
6、结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
需要注意的是，近年来各种疾病的发病率都呈现上身的趋势，肛瘘也是如此，这与生活方式的改变有很大的联系，比如饮食结构，精神心理长期压抑等因素，都有可能引起肛瘘，尤其是饮食结构，这是除去感染因素之外，引起肛瘘最常见的病因之一。
