常见的并发症有： 1.在恢复期或急性期偶可有多发生、渗出性大关节炎，关节红肿，数周内自行消退。 2.孕妇重症患者可致流产或早产。 3.慢性菌痢有溃疡结肠病变者，可并发营养不良、贫血、维生素缺乏症及神经官能症。 4.尚可引致溶血性尿毒综合征、Reiter综合征、类白血病反应等。儿童患者可并发中耳炎、口角炎、脱肛。 5.并发败血症者罕见，具有菌痢和败血症的双重表现，但病情较为凶险，病死率高，年龄在1岁以内婴儿更高。
