战壕热与立克次体感染相关，故其临床并发症也具有多样性，可有中耳炎、腮腺炎、心内膜炎、脑膜脑炎等，偶见趾、指、阴囊、耳垂、鼻尖等坏死或坏疽，以及走马疽，胃肠道出血、胸膜炎、流产、急性肾炎等。轻型病例和复发型战壕热很少有并发症。战壕热还可以并发沙门菌感染。
