十二指肠腺癌手术的并发症有败血症、胆瘘或胰瘘、以及出血。死亡率波动在27％~46％。败血症的发生常常是由于来自胃肠道的血液潴留或漏出，许多病例都采取经皮穿刺引流这种侵入性的处理方法。10％~18％的病人发生胰瘘，胰瘘的表现类似败血症，7％~10％的死亡率与胰瘘有关。术后立即发生的出血通常是血管未结扎好，或是由于未发现的血管内血凝块。迟发性的出血可能是由于败血症或瘘形成导致动脉坏死或结扎线脱落。胰切除术后，特别是幽门保留手术后的胃排空延迟是一种相对常见的没有生命威胁的并发症，但可能诱发局部腹膜炎。发生率较低的并发症有：肠梗阻、肠系膜血栓、肝功能衰竭、胆管炎、胰腺炎、肾功能衰竭和坏死性筋膜炎。
