治疗莱姆病性巩膜炎或巩膜外层炎的主要目的是根除致病的伯疏螺旋体。与其他螺旋体病一样，早期莱姆病对抗生素疗效最佳由于难以确定病原体是否被消灭在治疗很长时间内，一些症状仍持续存在抗生素治疗何时停止，尚难定论。此处提出的治疗方案是指导原则，随着时间的推移和研究的深入，无疑会有更精确、更有效的改进。
一期莱姆病，成人可用多西环素(doxycycline)100mg，2次/d或阿莫西林(amoxicillin)500mg，3次/d或红霉素250mg，4次/d共10～21天儿童酌减。二三期莱姆病青霉素2400万U/d，分4次静脉注射，或头孢曲松2.0g2次/d静脉注射，共21天儿童治疗青霉素25万U/kg，4次/d静脉注射，或头孢曲松100m/kg，2次/d，静脉注射，共21天。
莱姆病血清抗体测定阳性无特殊症状，可口服多西环素100mg，2次/d，4～6周或口服四环素500mg4次/d，4～6周儿童青霉素V钾片50mg/kg分4次口服，或阿莫西林125～250mg，3次/d口服，或链霉素40mg/kg分4次口服，每种治疗3～4周。
糖皮质激素不宜全身应用，因其可加重螺旋体感染。但可以在严密监控下局部应用，减少局部并发症的出现。需缓慢减量。
