生殖器疱疹需要与以下基本进行鉴别：
1.硬下疳多为单个圆形溃疡，周边稍隆起、质硬、无疼痛，无痛性腹股沟淋巴结肿大，暗视野显微镜检查可见梅毒螺旋体，梅毒血清学试验多阳性。
2.软下疳溃疡较深，边缘不整齐，表面分泌物多，周围可有卫星状病变，常伴化脓性腹股沟淋巴结炎，涂片显微镜检查和细菌培养可检出杜克雷嗜血杆菌。
3.贝赫切特综合征（白塞病）生殖器溃疡大而深，持续时间长，可伴皮肤结节性红斑、毛囊炎，常伴眼色素膜炎和头痛、头晕、精神异常等中枢神经系统症状。
4.其他皮肤病生殖器部位的带状疱疹、接触性皮炎、固定性药疹、脓皮病、Reiter病、念珠菌等皮肤病，皮损有时与生殖器疱疹相似，可从病史、体格检查和实验室检查等方面来加以鉴别。
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