生殖器疱疹是误诊率较高的疾病，下面是3种需要鉴别诊断的疾病：
（1）硬下疳：硬下疳是一期梅毒疹，潜伏期3～4周，呈单发性硬结或溃疡，溃疡比生殖器疱疹深，基底呈软骨样硬度，无自觉疼痛及触痛。在暗视野显微镜下可检到梅毒螺旋体，梅毒血清反应阳性。
（2）软下疳：性接触后3天左右于外生殖器出现单发或多发性浅表溃疡，基底柔软，边缘不整，呈穿凿状，自觉疼痛，触痛明显。淋巴结肿大疼痛，分泌物中可检出杜克雷嗜血杆菌。
（3）包皮龟头炎：初起潮红、糜烂，但很少出现水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎，滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
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