一般急性菌痢的预后良好；少数可变成慢性。偶有严重并发症的老弱或幼婴患者，如有重症休克、腹膜炎、败血症、心肌炎或肺炎时，可发生死亡，值得引起重视。
中毒型菌痢的预后与能否及时发现病情变化，做到早诊断及正确处理有关。应用654―2为主的综合治疗患者，病死率已降至1%以下，不留后遗症。起病后有反复惊厥，造成脑缺氧时间过长者，可后遗智力障碍，颅神经损伤，如面神经麻痹，还有癫痫者。
慢性菌痢的预后与患者年龄及一般情况有关，特别是幼婴营养不良者和老年体弱有加杂病者预后较差。还与受凉、吃生冷饮食、过劳或继发上感、肺炎等有关，这些因素可造成慢性菌痢急性发作，反复持续。如有蛔虫、钩虫、血吸虫等寄生虫病存在2时，往往影响慢性菌痢的恢复。慢性菌痢病程较长，目前虽无满意疗法，但只要在综合治疗的基础上对每个病例具体分析，找出不愈原因，分别对待，绝大多数患者均能恢复健康。
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