预防菌痢应采取综合性措施。针对不同地区采取不同措施。在农村和郊区，应以粪、水、垃圾管理，消灭苍蝇，宣传个人卫生为主；（城市则应重点抓饮食行业、供水系统与托幼机构，搞好基层培训，制定卫生制度，宣传预防为主，防止病从口入。还要抓好食品加工、销售和管理的卫生制度。
对菌痢病人要早发现、早诊断、早治疗；并具要彻底治愈。以防止转为慢性菌痢或带菌者：对带菌者应定期大便细菌培养，阳性者应予治疗、隔离。
加强环境卫生、饮食卫生和个人卫生，防止病从口入，做到不吃生冷饮食及不洁的瓜果、不吃腐烂变质、食物、不饮生水：不饮不合格的各种饮料，提倡小儿饮用凉开水，培养小儿食前便后洗手的卫生习惯。
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