肝昏迷又称肝性脑病，是由于肝功能严重损害，不能将血液中有毒的代谢产物解毒，或由于门腔静脉分流术后，自然形成的侧支循环使门静脉中有毒物质绕过肝脏，未经肝脏加工解毒而直接进入体循环，引起中枢神经系统代谢紊乱，久而久之，出现嗜睡、意识不清、昏迷。目前认为肝昏迷的发病机理与下列因素有关：
氨中毒学说；正常人血中仅含微量氨，不超过0.1%毫克，当大于5%毫克时就有中毒死亡的危险。血氨增高的原因有：①由于肝硬变病人对蛋白质的分解吸收不全，产生了大量氨。②由于门静脉高压时造成的门腔静脉短路，大量未经肝脏解毒灭活的血氨等有毒成分直接进入体循环。③肠道内蛋白质分解代谢过程中，氨基酸通过脱氨基作用产生的氨，有病变的肝脏不能将其完全清除。升高的血氨通过血脑屏障而进入脑组织，脑组织中的氨过高，干扰了糖的氧化过程，致脑组织的能量不足，大脑因而不能维持其正常功能，以致出现神经麻癖、嗜睡、神志不清，直至发展到昏迷。
其它与肝昏迷发病机理有关的因素尚有硫醇学说、假性神经递质学说、其它代谢紊乱等。
肝昏迷应与其它引起昏迷的疾病相鉴别，如：中枢神经系统感染、脑血管意外、糖尿病昏迷、低血糖昏迷、尿毒症、电解质紊乱及镇静剂过量等。
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