自70年代开始，先后有人在不同动物种群中检测到禽流感病毒，如1970年，kundin从猪群中检测到h3n2亚型抗体并分离到病毒；1976年，在欧洲猪群中发现了禽源h1n1和h2n2毒株；1989年，有人从马群中分离到禽源h3n8流感病毒，并证实马流感病毒h3来源于禽的流感毒株。可见，禽流感病毒可能在一定条件下感染不同宿主，导致该病毒在这些宿主之间以直接或间接的方式进行传播，构成禽流感病毒发生变异和新亚型出现的重要条件。此外，候鸟迁徙也可造成禽流感流行；禽流感病毒的优势毒株随着年份、季节和禽种类不同而变异，以保证其种系在自然界的长期存在。
人禽流感的传染源主要为患禽流感或携带禽流感病毒的鸡、鸭、鹅、鹌鹑等家禽及各种鸟类，其他禽类及猪等也有可能成为传染源。任何年龄均具有易感性，但以12岁以下儿童发病率较高，且病情较重。与不明死因的家禽或感染、疑似禽流感的家禽密切接触者为高危人群。该病多发于冬、春季节，尤其是冬春之交、气候变化大的季节。
人禽流感主要由于接触感染禽流感的家禽及其分泌物、排泄物、死禽尸体污染的饲料、水、笼具、饲养管理用具及各种携带病毒的鸟类，经呼吸道或消化道而传播给人，一般禽流感发病在前，人禽流感在后，此乃诊断人禽流感的重要流行病学依据。从事禽流感病毒实验室工作人员也可发生实验室污染；人禽流感是否在人际间传播，目前尚乏证据。
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