健康人的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物，这些微生物称为肠道菌群。在人类胃肠道内的细菌可构成一个巨大而复杂的生态系统，一个人结肠内就有400个以上的菌种。从口腔进入胃的细菌绝大多数被胃酸杀灭，剩下的主要是革兰氏阳性需氧菌，胃内细菌浓度＜103CFU/ML（CFU即colonyformingunit菌落形成单位）。小肠菌全的构成介于胃和结肠之间。近端小肠的菌丛与胃内相近，但常能分离出大肠杆菌和厌氧菌。在远段回肠，厌氧之间。近端小肠的菌丛与胃内相近，但常能分离出大肠杆菌和厌氧菌。在远段回肠，厌氧菌的数量开始超过需氧菌，其中大肠杆菌恒定存在，厌氧菌如类杆菌属、双歧杆菌属、梭状芽胞杆菌属，都有相当数量。在回盲瓣的远侧，细菌浓度急剧上升，结肠细菌浓度高达1011～1012CFU/ml，细菌总量几乎占粪便干重的1/3。其中厌氧菌达需氧菌的103～104倍。主要菌种为粪杆菌属、双岐杆菌属和真杆菌属。肠道菌群按Dubos法分为3大类：
①为经长时间进化适应，与宿主呈共生状态的原住菌（autochlhonousmicrobiota）；
②是普遍存在于某种环境的普通菌（normalmicrobiota）；
③是偶然进入宿主的病原菌（pathogens）。
