病变主要在表皮，表皮高度增生而伸入真皮，其周围真皮结缔组织受压而形成假包膜，并被分为多个梨状小叶，真皮乳头受压，而成为小叶间的异常狭窄的间隔。基底细胞大致正常，从棘层细胞起逐渐变性。在早期，感染细胞开始有卵圆形小体形成，以后细胞体积逐渐增大，胞核固缩，最后整个胞质均为嗜酸性包涵体（软疣小体）所占据。在表皮中部，软疣小体己超过受累细胞原有的体积，细胞核被挤于一侧，固缩成新月形，甚至完全消失。在颗粒层水平处，软疣小体由嗜伊红性变成嗜碱性，角质层可有很多的嗜碱性软疣小体。在病变中央的顶部，变性细胞可脱落，因而形成火山口状。若将由皮损中所挤出的乳酪状软疣小体涂于玻片上，用复方碘溶液染色可染为暗褐色，用生理盐水稀释成200倍的亮结晶蓝溶液染色可呈青色。电镜改变主要在表皮，表现疣底部细胞核增大，线粒体肿大，嵴不清晰，细胞质内可见病毒颗粒，疣体棘层细胞核膜变模糊，甚至核膜消失，线粒体嵴消失，严重时空泡化，细胞内几乎找不到完整的线粒体，有时胞质内见到束状排列的张力丝及卷曲膜状结构，胞质内有大量成熟病毒。
