基质坏死性角膜炎的发病机理尚不清楚
许多研究人员认为是由于病毒对基质的直接侵害，而这种可观察到的病变很可能是对此过程的免疫反应。目前已很明确的是，长期用皮质类固醇治疗疱疹性上皮性溃疡而不联合应用抗病毒剂，在基质中可找到病毒颗粒。除了这些病毒颗粒以外，也可以在角膜细胞的细胞膜中找到病毒抗原。病毒可以持续存在于角膜的这些深层的坏死性瘢痕之中，而且，在需要行角膜移植的病人，如果可见的基质性瘢痕不能完全切除，病毒对移植片基质的侵害可成为重要的不利因素。
某些HSV株产生基质性病变，其他的则不产生。如果给兔眼接种某一种致基质病变的病毒株，在显著的基质病变出现之前，病毒似乎必须在基质中增殖一周左右。在病毒增殖期末，当病毒的数量迅速下降时，宿主对病毒和病毒抗原的反应将产生严重的坏死性角膜炎。就其实践性意义而言，这是一种纯抗原-诱导的继发于HSV感染且有高度病毒株特异性的基质性病变。在动物模型，如果在感染后的第一天或第二天用抗病毒剂治疗，患眼的基质性病变就可以预防。如果抗病毒治疗延误到了此早期治疗期之后以至于基质已被病毒侵犯而且病毒的抗原已经产生，抗病毒剂就会无效。不过，在这种情况下，皮质类固醇的应用似乎是有益的而且似乎很少对病人增加额外的风险或使疾病恶化。
