一般性手术的预防性抗感染选用磺胺类药物（如复方新诺明）或主要作用于革兰氏阳性菌的药物（如红霉素、青霉素等）；体质差或并发感染者常联合用药，较常用为：作用于革兰氏阳性菌的药物＋作用于革兰氏阴性菌的药物（如庆大霉素）＋作用于厌氧菌的药物（如灭滴灵）；手术前后感染严重或有并发症者可根据临床和药敏试验选择有效的抗生素。
甲状舌管囊肿及鳃裂囊肿为良性肿物，非手术治疗无效，一旦诊断确立，应予手术治疗，更不宜使用民间一些不考试，大收集整理明成份的药物内服外敷，少数并发感染者可先使用抗生素控制感染后再行手术治疗。
治愈标准：
1.治愈：囊肿完整摘除，创口愈合。
2.好转：治疗后，囊肿尚有残留。
3.未愈：未行手术，外形及功能无改善。
