慢性骨髓炎是骨骼感染后，留有死骨、死腔、肉芽组织、异物及窦道，伤口经久不愈感染反复发作。手术治疗是本病最重要的治疗措施，是其他治疗的基础。常用的手术治疗方法为病灶清除术。
凡有死骨、死腔、窦道流脓、包壳骨能支持肢体者，均可行病灶清除术。其要点是：切除部分骨质、显露病灶，吸出脓液，清除死骨、异物和肉芽组织。不重要部位的慢性骨髓炎，如肋骨、腓骨等，可将病骨切除。病程久、窦道口皮肤恶性变者，应行截肢术。
术前应用高能X线治疗，可提高疗效，因电离效应，可使病灶组织内产生大量自由基，能与增殖细胞群的DNA结合，使之破坏，有杀菌、抑制肉芽组织和瘢痕组织增生的作用。
病灶清除术后，伤口因软组织缺失，难以闭合。可用Orr疗法，即敞开伤口，病灶内填充凡士林纱条或碘纺纱条，管型石膏固定，开窗换药，待肉芽组织填满创口，二期愈合。目前，常用的是局部随意皮瓣，带血管的皮瓣、游离皮肤肌肉瓣和复合组织瓣等。
