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对于小肠解剖结构的异常情况应进行手术纠正，例如肠瘘、盲袢、憩室。经手术纠正后则可恢复小肠运动与吸收功能。
对细胞性贫血，可肌注适当剂量的维生素B12以纠正贫血、改善症状。
对于小肠内过度繁殖的病原菌，如肠杆菌、产气杆菌、肠链球菌或厌氧菌，可采用相应的抗生素，例如用氨苄青霉素、磷霉素钠、氟嗪酸及灭滴灵等治疗。
对于盲袢综合征的诊断来说，测定14小时尿中蓝母排泄量是临床常用的一种筛选方法，而呼吸试验是较有特异性的筛选方法。由于在盲袢内繁殖的细菌能把14C标记的甘氨酸由胆盐分解出来而被吸收，经过代谢变为14CO2运送到血液中，在口服14C标记的甘氨酸后4小时可在呼气中出现。小肠病变时比正常人排出14CO210倍，此测试方法不受饮食与肾功能的影响。其他一些诊断方法也有参考价值，如吸取小肠液作细菌培养，如其细菌数量超过105/ml就可诊断为小肠细菌过度生长；诊断性治疗也是一种诊断方法，即应用5～7天的抗生素，如症状得到缓解，可作诊断依据参考。
