慢性肾盂肾炎是多年来尿液反复感染（经常不为人所注意），使肾脏损伤日益严重的一种疾病。在大多数情况下，慢性肾盂肾炎这种病可能是在儿童期发生的，一直在不为人察觉的情形下持续到了成年期。经过多年之后，包括肾衰竭在内的肾脏病症状出现了。 感染性细菌可能是经由尿道口进入泌尿道的（尿道就是从膀胱通往体外的那根管子）。这种细菌入侵的情况通常是局限于泌尿道的下部（见膀胱炎），因为尿液流出体外能使感染无法向上扩散。你在排尿时，膀胱会收缩，将尿液挤出，经尿道排出体外。 在些同时，膀胱肌肉会产生活瓣作用，将进入膀胱处的两条输尿管关闭起来。这可防止尿液因受挤压而逆流进入肾脏。但有时候这种活瓣式的作用发生了故障，尿流不但能向下流，同时也向上逆流。 这种尿液上下双向流动的现象叫做回流或反流。如果尿液已受感染，却发生了回流现象，感染就会扩散到肾脏。大多数的慢性肾盂肾炎，都是尿液反复感染及回流共同造成的。 肾结石也会造成慢性肾盂肾炎。在发生慢性肾盂肾炎之前，患患者也会有诸如急性肾盂肾炎或膀胱等其他泌尿道感染反复发作的情形，但是这种情形并不多见。
