近年来有关尿道下裂的病因学研究概括起来包括几个方面：
1.内分泌因素部分病例雄激素受体和5α-还原酶缺陷也有发现在人绒毛膜促性腺激素（humanchorionicgonadotropinHCG）刺激后尿道下裂患者的雄激素增高反应明显低于正常对照组人群提示尿道下裂患者的下丘脑-垂体-性腺轴不正常。
2.环境因素有研究发现在妊娠早期用过黄体酮保胎的新生儿中尿道下裂的发生率较高同时有研究表明尿道下裂患者的雌二醇和雌酮的水平增加这些研究提示雌性激素有拮抗雄激素作用。
3.染色体异常在尿道下裂患者中的染色体畸变率较正常人群有明显增高其中包括有常染色体畸变及性染色体畸变。
4.基因突变发现尿道下裂患者可存在雄激素受体基因性别决定基因5α-还原酶基因抗苗勒管激素基因CYP21B基因的突变。
发病机制：
胚胎发育过程中阴茎腹侧尿生殖沟的发育与融合受垂体与雄激素的影响如果雄激素缺乏尿生殖沟两侧皱褶的融合发生障碍致使尿道腹侧壁缺损尿道开口于阴茎腹侧正常尿道口后方形成尿道下裂。
根据尿道口的部位可将尿道下裂分为阴茎头型阴茎型阴茎阴囊型及会阴型等4型其中以阴茎头型及阴茎型占多数。
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