下列疾病应与嗜酸细胞性胃肠炎作鉴别：
（一）寄生虫感染四周血嗜酸粒细胞增多可见于钩虫、血吸虫、绦虫、囊类圆线虫所致的寄生虫病，各有其临床表现。
（二）胃肠道癌肿与恶性淋巴瘤也可有四周血嗜酸粒细胞增高，但属继发性，应有癌肿与淋巴瘤的其他表现。
（三）嗜酸性肉芽肿主要发生于胃和大肠、小肠呈局限性肿块，病理组织检查为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中。过敏史少见，四周血中白细胞数及嗜酸性粒细胞常不增加。
（四）嗜酸粒细胞增多症除四周血嗜酸粒细胞增高外，病变不仅累及肠道，还广泛累及其他实质器官，如脑、心、肺、肾等，其病程短、预后差，常在短期内死亡。（搜集）
