对深部厌氧菌感染的治疗应包括脓液引流和外科手术切除失活组织.抗生素配合外科手术有助于控制菌血症,减少继发性或迁徙性化脓并发症,并能防止手术部位周围的感染局部扩散.
因为厌氧菌培养的结果可能要等待
口咽部厌氧菌感染应该用青霉素G治疗.在很少情况下,口腔厌氧菌感染对青霉素反应差,则应选用对耐青霉素厌氧菌有效的药物（见下文）.肺脓肿应该用克林霉素或β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用.对青霉素过敏的病人可用克林霉素或甲硝唑（加用
胃肠道或女性盆腔厌氧菌感染可能含有脆弱拟杆菌,对青霉素可能有耐药性.此外还发现对第
