引起性交疼痛的原因很多，生殖器官和泌尿系统的各种疾病，先天畸形等都可能引起。较典型的病变是接近阴道后穹窿的宫底韧带上有内膜异位结节，盆腔内炎症使腹膜脏器粘连，阴茎插入时撞击宫颈，引起腹膜振动而牵动脏器产生疼痛。阴道润滑不足时可以发生疼痛，女性盆腔脏器炎症粘连、局部疤痕、宫颈炎、子宫内膜炎、卵巢的囊肿或肿瘤、阴道痉挛等都会产生性交疼痛。
性交疼痛与阴道痉挛同时存在,两者可互为因果。
生殖器官的生理萎缩。如绝经后或切除双侧卵巢的妇女，由于雌激素的分泌不足，造成生殖器官的萎缩与干燥，这是造成性交疼痛的常见原因。
生殖器官和周围器官的先天缺陷、发育不全或后天发生的器质性病变.如:先天性处女膜肥厚,处女膜伞、阴道狭窄;先天性卵巢发育不全或男性假两性畸形伴有的阴道短小、阴道纵膈或横膈、尿道下裂;阴蒂炎、阴蒂垢、前庭大腺囊肿、外阴切开术后的瘢痕、外阴炎、外阴溃疡或白塞氏综合症;外阴白色病变萎缩引起的阴道口窄、阴道内各种炎症、阴道囊肿和各种治疗引起的阴道狭窄;尿道炎、尿道肉阜、尿道憩室、尿道膨出;直肠肿瘤、肠炎、严重痔疮、直肠阴道瘘;子宫内膜炎、子宫后倾、子宫脱垂;卵巢囊肿与肿瘤、卵巢下垂、手术后卵巢固定后穹窿;子宫内膜异位症、附件炎、盆腔炎、手术后盆腔内软组织粘连等;均可以引起性交疼痛。
