鉴于口蹄疫具有多种动物宿主、高度接触性传染性、病毒抗原的多种性和变异性，以及感染后或接种疫苗后免疫期短等特点，因此，在实际工作中使口蹄疫的控制变得相当困难。为了控制本病的流行，目前采取的方法：
未发病场的预防措施
严格执行防疫消毒制度 全场应成立口蹄疫防制小组，负责疫病的防制工作；提高对本病危害性认识，自觉地遵守防疫消毒制度；场门口要有消毒间、消毒池，进出牛场必须消毒；严禁非本场的车辆人内。猪肉及病畜产品严禁带进牛场食用；每月定期对畜舍、牛栏、运动场用2％苛性钠或其他消毒药进行消毒，消毒要严、要彻底。
坚持进行疫苗接种 定期对所有牛只进行系统的疫苗注射，使牛具有较好的保护力。目前，疫苗种类很多，现列举于下：
兔化弱毒疫苗 舌面接种，常引起注射部位发生水泡。对犊牛有残毒，可引起死亡。牛免疫期6个月以上。
鼠化弱毒疫苗 注射后14d产生免疫力，免疫期4～6个月，新注射区的牛，疫苗注射后，可能有10％的牛蹄部和20％一30％的牛口腔出现水泡和烂斑。此外，还有鸡胚化弱毒苗、组织培养弱毒苗和灭活苗。
遗传工程 已应用于口蹄疫疫苗的研究之中，它不用口蹄疫病毒作原料，而纳入疫苗中的是一种特殊病毒蛋白。这种特异蛋白来自经遗传工程控制和处理的大肠埃希氏菌培养物，这种蛋白只能刺激接种动物产生口蹄疫抗体，而不致由此造成感染。
我国兰州生产并已使用的口蹄灭活疫苗，其型和免疫程序
疫苗 牛羊O型口蹄疫灭活疫苗（单价苗），牛羊O—A型口蹄疫双价灭活疫苗（双价苗）。
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