小肠粘膜绒毛变形不规则，粗大或变平;呈舌形、脊状或扁平、卷曲状。空肠粘膜活组织检查有腺窝变长，腺窝细胞核肥大，嗜银细胞增多，上皮细胞呈方形或扁平形，杯状细胞减少。上皮细胞酶活力减低。电镜检查见微绒毛不规则，成团分叉多，微粒体和线粒体均有增加。有些病倒同时有浅表性或萎缩性胃炎。
