血栓形成常继发于：①肝硬变或肝外压迫引起门静脉充血和血流郁滞;②腹腔内化脓性感染，如坏疽性阑尾炎、溃疡性结肠炎、绞窄性疝等;③某些血液异常，如真性红细胞增多症，口服避孕药造成的高凝状态;④外伤或手术造成的损伤，如肠系膜血肿、脾切除、右半结肠切除等。约1/4的病人无明显诱因，称为原发性肠系膜静脉血栓形成。
静脉血栓形成后，可向近远端继续蔓延。当受累肠曲的静脉回流完全受阻时，肠管充血水肿，浆膜下先点状出血，后扩散成片。肠壁和肠系膜增厚、水肿。继之，肠曲发生出血性梗死，呈暗紫色。大量血性液体从肠壁和肠系膜渗出至肠腔和腹腔。静脉急性闭塞尚可反射性引起内脏动脉的痉挛和血栓形成，加速肠坏死的过程。最后同样导致低血容量、感染中毒性休克。
